nrStar? Human tRNA Repertoire PCR芯片

  • 描述
  • 芯片特点
  • 工作流程
  • 数据库
  • 说明书
  •        转运RNA(Transfer Ribonucleic Acid,tRNA)是生物体内含量最为丰富的短链非编码RNA分子。它携带并转运氨基酸,参与蛋白翻译,是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。尽管tRNA广泛存在于生物体内,但不同机体基因组对于特定密码子的偏好性不同,从而导致tRNA表达谱的差异。密码子偏好性影响翻译效率和精确性[1-3]。因此,tRNA表达谱的改变对多种细胞生理过程有着显著影响。细胞增殖[4]、分化[4, 5]和凋亡[6]等一系列生命活动都伴随着tRNA水平的变化。另外,许多疾病也显示出tRNA水平和分布的紊乱。系列研究表明,tRNA谱的紊乱和肿瘤[5, 7-14]、Ⅱ型糖尿病[15]、亨廷顿舞蹈症[16]、甲型H1N1流感[17]、天花[17]以及HIV感染[18]等疾病病理活动密切相关。因此,tRNA谱的研究对于深入了解人体生理及病理过程十分关键。
           PCR芯片是研究特定类群基因最为可靠的手段。Arraystar nrStar? Human tRNA Repertoire PCR Array包含66对细胞核tRNA引物和22对线粒体tRNA引物,覆盖了GtRNAdb和tRNAdb两个数据库的所有反密码子信息。此芯片是研究人类tRNA谱方便有效的工具。
           为了保证数据的可信度,PCR芯片采用3个短链非编码RNA作为内参对照,使用RNA Spike-in对cDNA合成和PCR效率进行评估。同时,芯片包含的基因组DNA对照(genomic DNA control,GDC)可以监控实验过程中基因组DNA污染。另外,PCR阳性对照(positive PCR control, PPC)能够有效的评估PCR效率,并进行板间校正,消除不同批次芯片板之间的实验误差。
           众所周知,tRNA具有大量种类繁多的转录后修饰,这些修饰对tRNA发挥功能起着关键作用。然而,这些修饰会严重影响tRNA cDNA的合成质量。Arraystar公司专门开发的tRNA反转录试剂盒(rtStar? tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit),能够有效消除这些修饰对cDNA合成的影响,极大提高tRNA cDNA质量。与该试剂盒组合使用,研究人员能够获得更为真实的tRNA谱的变化状况,为研究蛋白质组或tRNA来源片段(tRFs)提供重要信息。在后续研究中,敲低tRNA[19]或过表达tRNA [5, 20, 21]可以进一步揭示tRNA谱在细胞生命活动中的作用。其他用于研究非编码RNA的相关技术也适用于tRNA的后续研究。


    产品列表


    产品名称 规格 描述
    nrStar? Human tRNA Repertoire PCR Array 2 plate

    包含66对细胞核tRNA引物和22对线粒体tRNA引物
    nrStar? Human tRNA Repertoire PCR Array 6 plate
    nrStar? Human tRNA Repertoire PCR Array 12 plate
  • ● 囊括了GtRNAdb和tRNAdb两数据库中的所有细胞核和线粒体反密码子信息 
    ● 涵盖了实时荧光定量PCR所能够区分的所有tRNA信息
    ● 利用去甲基化酶处理来降低tRNA修饰对于cDNA合成的影响
    ● 在大量组织与细胞中验证有效的引物
  • 适用实时定量荧光PCR仪:
    ABI ViiA? 7, ABI 7500 & ABI 7500 FAST, ABI 7900HT, ABI QuantStudio? 6 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio? 7 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio? 12K Flex Real-Time PCR System, Bio-Rad CFX384, Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems, Eppendorf Realplex, QIAGEN Rotor Gene Q 100, Roche LightCycler 480, Stratagene Mx3000, Roche LightCycler 480

  • tRNA反密码子信息(GtRNAdb和tRNAdb数据库):
    细胞核tRNAs (66):
    Ala-AGC,Ala-CGC,Ala-GGC,Ala-TGC,Arg-ACG,Arg-CCG,Arg-CCT,Arg-TCG,Arg-TCT,Asn-ATT,Asn-GTT,Asp-ATC,Asp-GTC,Cys-GCA,Gln-CTG-1,Gln-CTG-2,Gln-TTG-1,Gln-TTG-2,Glu-CTC,Glu-TTC,Gly-CCC,Gly-CCC-1,Gly-GCC,Gly-TCC,His-GTG,Ile-AAT,Ile-TAT,Ini-CAT,Leu-AAG,Leu-CAA,Leu-CAG,Leu-TAA,Leu-TAG,Lys-CTT-1,Lys-CTT-2,Lys-TTT,Met-CAT,Phe-GAA,Pro-AGG,Pro-CGG,Pro-GGG,Pro-TGG,Sec-TCA,Ser-ACT,Ser-AGA,Ser-CGA,Ser-GCT,Ser-GGA,Ser-TGA,Sup-CTA,Sup-TTA,Thr-AGT-1,Thr-AGT-2,Thr-CGT,Thr-TGT-1,Thr-TGT-2,Trp-CCA,Tyr-ATA,tyr-GAT,Tyr-GTA,Val-AAC,Val-CAC-1,Val-CAC-2,Val-CAC-3,Val-TAC-1,Val-TAC-2,
    线粒体tRNAs (22):
    mt-Ala-TGC,mt-Arg-TCG,mt-Asn-GTT,mt-Asp-GTC,mt-Cys-GCA,mt-Gln-TTG,mt-Glu-TTC,mt-Gly-TCC,mt-His-GTG,mt-Ile-GAT,mt-Leu-TAA,mt-Leu-TAG,mt-Lys-TTT,mt-Met-CAT,mt-Phe-GAA,mt-Pro-TGG,mt-Ser-GCT,mt-Ser-TGA,mt-Thr-TGT,mt-Trp-TCA,mt-Tyr-GTA,mt-Val-TAC,
  • 康成使用Arraystar的芯片为客户提供服务,以下为相关资料:

    产品说明书:adobe_pdf_smallManual_nrStar?_Human_tRNA_Repertoire_PCR_Array_v1.05

    分析工具:  excelAnalysis_tool_for_nrStar?_Human_tRNA_repertoire_PCR_Array_v1.0

    分析工具说明书:  adobe_pdf_smallInstructions_of_Human_tRNA_qPCR_data_analysis_tool