LncPath芯片

  • 简介
  • 芯片特点
  • 实验流程
  • 研究思路
  • SCI成果
  •       长链非编码RNA (LncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明:LncRNA广泛参与各种信号通路,LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。迄今为止,研究得比较透彻的LncRNA还很少,超过99%的LncRNA的功能和调控机制尚不清楚。为了促进LncRNA的研究,Arraystar公司开发了LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片。LncPathTM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因,帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

    康成生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商,为您提供一站式LncPathTM芯片技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。

    LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片产品列表


  • 1. 对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
           LncPathTM芯片通过整合权威数据库,经典文献和Arraystar LncRNA数据库等资源,对疾病/信号通路特异性的LncRNA进行了全面,可靠的收集,涵盖的LncRNA主要有:1)疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近LncRNAs;2) 疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码ceRNAs;3) 已知的与特定疾病或信号通路相关的LncRNAs。

      
    图1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程。


    2. 快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系

           LncPathTM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因,并且对LncRNA和靶基因的关系进行了详细的注释,能够帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

      
    图2.通过LncPathTM芯片建立LncRNA的调控机制与其生物学功能之间的联系。


    3. 图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
           LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的图形化展示,通过图形化展示客户可以迅速了解LncRNA及其靶基因的关系(图3),方便后续的机制和功能研究,这些图形化展示结果都可以通过Arraystar网站免费获得。

      
    图3.可能调控WNT信号通路中的关键基因CCND2的LncRNAs详细信息。


    4. 创新性的探针设计
           LncPathTM芯片采用了创新性的探针设计:针对每个LncRNA设计转录本特异的LncRNA探针,保证对LncRNA的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针:基因探针和转录本特异性探针?;蛱秸胗糜诩觳饣蛩降谋泶锴榭?,它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达,它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响(图4)。

     

    图4. LncRNA探针:转录本特异性探针,可以准确的检测LncRNA


    基因探针:用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。
    转录本特异性探针:用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。


    5. 高效、稳定的标记系统
           LncPathTM芯片采用了一种高效,灵活的标记系统(图5)。这种标记方法不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的转录本,还可以极大的增加低丰度RNA和降解RNA的cRNA产率,灵敏度比常规标记方法高100倍以上。


     图5.高效,灵活的标记系统。


    6. 可靠的芯片性能
           高灵敏度:能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA(图6)

     

    图6. LncPathTM芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表Spike-in浓度的log值,纵轴表示Spike-in芯片信号(log2转化后)。


    7. 高重复性:Arraystar circRNA芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性(R2>0.9)(图7)

     

    图7. LncPathTM芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应,并根据芯片信号做出散点图,从图中可以看出:芯片间的相关性非常高(R2>0.9),说明LncPathTM芯片平台重复性很好,非常稳定。

  • 1.样品总RNA抽提

           若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。

           若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。

    2. RNA质量检测

           使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。

           使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性

    3.加入Spike-in内参

    4. cDNA样品合成和标记

    5.标记效率质量检测

           使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。

    6.芯片杂交

           在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。

    7.图像采集和数据分析

           使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。

    8.提供实验报告

           芯片扫描图

           实验方法中英文报告

           RNA质检报告

           芯片数据结果报告,包括差异表达LncRNA列表,差异表达基因列表,差异LncRNA与相应靶基因的详细注释

  • →  circRNA_100290 plays a role in oral cancer by functioning as a sponge of the miR-29 family. Oncogene. 2017

    →  Detection and Analysis of Wnt Pathway Related lncRNAs Expression Profile in Lung Adenocarcinoma. Pathology & Oncology Research. 2016

    →  Aberrantly expressed long noncoding RNAs are involved in sevoflurane-induced developing hippocampal neuronal apoptosis: a microarray related study. Metabolic Brain Disease. 2016